國家花卉工程技術研究中心下屬：
花卉研究所
良種繁育中心
毛白楊研究所
荒漠化及小流域治理研究所

國家花卉工程技術研究中心是以北京林業大學為依托組建的國家級科技創新平臺，以園林植物和觀賞園藝兩個國家重點學科為技術支撐，代表著我國在花卉工程技術領域的最高水平。
北林科技是該中心的參與機構，該中心充分利用北京林業大學在植物資源收集、遺傳育種、花卉種苗生產、花卉栽培方面的科技優勢，為北林科技加速實現科技成果產業化提供了強大的技術支撐和豐厚的資源儲備。